JDMK-Agenten können über die SNMP- und RMI-Protokolladaptoren in das JMAPI-Framework eingebunden werden. In diesem Sinn sind JDMK und JMAPI miteinander kompatibel.
Allerdings gehen JDMK und JMAPI von verschiedenen Modellen aus. Während JMAPI einen klassischen zentralisierten Ansatz verfolgt, in dem ein (oder evtl. mehrere, vgl. Kapitel 8) Managed Object Server als Ausgangspunkt von Managementaktionen betrachtet werden, versucht JDMK gerade durch Einführung autonomerer Agenten, die auch untereinander kommunizieren können, die Nachteile dieses Organisationsmodells aufzuheben.
Da JDMK allerdings nur ein Toolkit für die Entwicklung von Agenten ist, könnte es von den GUI-Komponenten von JMAPI profitieren, wenn es um die Erstellung einer Benutzeroberfläche geht.