Die Instrumentierung jedes einzelnen Basisbausteins stellt aber dennoch einen erheblichen zusätzlichen Aufwand für den Bausteinentwickler dar. Das Problem des hohen Instrumentierungsaufwandes, das eines der Haupthindernisse für eine rasche Verbreitung von Instrumentierungstechniken im Anwendungsmanagement darstellt, wird somit nicht gelöst, sondern nur verringert und vom Anwendungsentwickler auf den Bausteinentwickler verlagert.
Auch die schwierige Aufgabe, die Abhängigkeiten der einzelnen Bausteine untereinander zu bestimmen, kann nicht vollständig automatisiert werden. Auch wenn in vielen Fällen die Zusammenhänge automatisch erkannt werden können, müssen dennoch in einer Vielzahl der Fälle Entscheidungen weiterhin vom Anwendungsentwickler getroffen werden.
In vielen Fällen sind Bausteine nicht einer bestimmten Anwendung fest zugewiesen, sondern können von mehreren unterschiedlichen Anwendungen genutzt werden. Die Zuordnung von Managementinformation zu einer übergeordneten Anwendung erweist sich in diesem Fall als besonders schwierig. Die Bausteine müßten in der Lage sein, je nachdem, welcher der übergeordneten Bausteine eine Anfrage durchführt, die jeweils korrekte Information zu liefern. Dies würde zu einer erheblichen Erhöhung der Komplexität der Bausteine führen. Zustandslose Bausteine, die in vielen Bausteinarchitektur en explizit vorgesehen sind, könnten diese Art der Information ohnehin nicht liefern.